Metsamõisan kiinteistöyksikkö sijaitsee Pandiveren ylängön lounaisosassa, Silurikauden Llandovery-kerrostuman Tamsalun kerroksen kalkkikivien paljastumalla.
Peruskallioiset kalkkikivet on peitetty glasiaalisen alkuperän pääasiassa moreenipohjaisella pintakerroksella, jonka paksuus vaihtelee metristä enintään kymmeneen metriin. Maisemallisesti Metsamõisa sijaitsee siis moreeniylängöllä. Samalla, seuraten korkeuskäyräkarttaa,
käy ilmi, että Metsamõisa sijaitsee yhden radiaalisen (jään liikkumissuuntaisen) harjanteen päässä. Samaan suuntaan venytettyjä pinnanmuotoja esiintyy alueella muitakin. Samanlaiset moreeniharjanteet koostuvat tavallisesti hiekasta ja sorasta ja voivat olla päältä peitetty jopa parin metrin paksuisella moreenikerroksella. Metsamõisan kiinteistöyksikön absoluuttiset korkeudet jäävät välille 101 ja 111 metriä.
Harjanteen päähän liittyy Metsamõisassa jyrkkä rinne, jonka kaltaista muiden harjanteiden kohdalla ei ole. Jyrkän rinteen syntyminen on suurella todennäköisyydellä antropogeenista; ilmeisesti harjanteen soraista materiaalia on käytetty paikallisten teiden rakentamiseen.